Nach ihrem endgültigen Sieg über den bösen Schredder haben sich die vier Ninja-Kampfschildkröten mit ihrem Meister Splinter (James Murray) abermals in der heimischen New Yorker Metro zurückgezogen. Dort trainieren sie tagein, tagaus ihre Kampfsportübungen und gehen vor Langerweile beinahe zugrunde.

Vier kleine Schildkröten geraten in der Kanalisation von New York mit der geheimnisvollen Substanz Ooze in Berührung. Aus den Tieren wachsen daraufhin humanoide Mutanten heran, die durch ihren Meister Splinter, eine ebenfalls mutierte Ratte, in die Geheimnisse des Karate eingeführt werden. Seitdem

Nach der Trennung ihrer Eltern ziehen Michael und Sam zum Vater ihrer Mutter nach Santa Clara. Zuerst sind sie nicht besonders von der neuen Umgebung begeistert, aber schon bald beginnt sich Michael für die schöne Star zu interessieren und verliebt sich in sie. Über die mysteriöse Schönheit gelangt