Lange bevor sie zu erbitterten Feinden wurden, waren Charles „Professor X“ Xavier (James McAvoy) und Erik „Magneto“ Lehnsherr (Michael Fassbender) enge Freunde. Mit ihren ungeheuren Mutanten-Kräften versuchen sie in den 1960ern, den Lauf einer Welt zu korrigieren, die im Angesicht der Kuba-Krise
Ein Mann (Matt Damon) wird ohne Erinnerungsvermögen und mit schweren Schussverletzungen im Mittelmeer gefunden. Der Mann ohne Identität findet schließlich heraus, dass er Jason Bourne heißt und für die CIA gearbeitet hat. Diese hat jedoch Killer auf ihn gehetzt, was er sich nicht recht erklären
Aus der Sicht einer Einheit amerikanischer Soldaten beginnt der Film am Tag der historischen D-Day-Invasion des 2. Weltkrieges mit der Landung am Strand. Von hier aus startet die Einheit zu einem gefährlichen Sonderauftrag: Captian John Miller muss mit seinen Männern hinter die feindlichen Linien