Nach ihrem endgültigen Sieg über den bösen Schredder haben sich die vier Ninja-Kampfschildkröten mit ihrem Meister Splinter (James Murray) abermals in der heimischen New Yorker Metro zurückgezogen. Dort trainieren sie tagein, tagaus ihre Kampfsportübungen und gehen vor Langerweile beinahe zugrunde.

Auf der Suche nach dem Mörder von Wangs Vater, verschlägt es die ungleichen Freunde Chon Wang und Roy O’Bannon nach London. Auch Wangs Schwester Lin will den Mord an ihrem Vater rächen und folgt dem Verbrecher nach England. Bei ihren Nachforschungen stoßen die drei auf eine großangelegte