Japan, 1945: Kurz nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs täuscht der Kamikaze-Pilot Koichi Shishima (Ryunosuke Kamiki) technische Probleme bei seinem Flugzeug vor und landet auf der Insel Odo. Hier begegnet er zum ersten Mal der Riesenechse Godzilla, die die gesamte Insel dem Erdboden gleichmacht.

Suzume (Originalstimme: Nanoka Hara, deutsche Stimme: Emilia Raschewski) lebt in der ruhigen Stadt Kyushu und trifft einen jungen Mann „auf der Suche nach Türen". Suzume folgt ihm zu einer Ruine eines verfallenen Gebäudes in den Bergen und findet eine freistehende Tür als wäre sie allein vor

Die kleine Chihiro durchquert mit ihren Eltern während eines Ausflugs einen dunklen Tunnel. Auf der anderen Seite befindet sich die Stadt der Geister, in der Chihiros Eltern in Schweine verwandelt werden. Völlig auf sich alleine gestellt versucht das Mädchen, die Verwandlung rückgängig zu machen.