Nach ihrem endgültigen Sieg über den bösen Schredder haben sich die vier Ninja-Kampfschildkröten mit ihrem Meister Splinter (James Murray) abermals in der heimischen New Yorker Metro zurückgezogen. Dort trainieren sie tagein, tagaus ihre Kampfsportübungen und gehen vor Langerweile beinahe zugrunde.

Nicholas Angel (Simon Pegg) ist Londons Elitepolizist. Er ist besser als jeder seiner Kollegen, doch das bringt ein Problem mit sich: Im Vergleich mit ihm sieht die ganze restliche Londoner Polizei einfach schlecht aus. Deswegen "befördert" ihn sein Boss in das kleine beschauliche Örtchen

Dean Cage, ehemaliger Soldat für Sondereinsätze, wird mit einem Agenten der CIA verwechselt. Als Cage an dessen Stelle entführt wird, bekommt er eine bewusstseinskontrollierende Droge eingeflößt, die ihn hilflos der Manipulation durch fremde Gedanken ausliefert. Dean flieht und macht sich auf die