Nach ihrem endgültigen Sieg über den bösen Schredder haben sich die vier Ninja-Kampfschildkröten mit ihrem Meister Splinter (James Murray) abermals in der heimischen New Yorker Metro zurückgezogen. Dort trainieren sie tagein, tagaus ihre Kampfsportübungen und gehen vor Langerweile beinahe zugrunde.
Nachdem Red Sonja (Brigitte Nielsen) Königin Gedren (Sandahl Bergman) angegriffen hat, wird ihre Familie von den Anhängern der Königin ermordet und sie selber vergewaltigt. In der darauf folgenden Nacht erlebt Sonja eine Vision und schwört seither auf Rache. Währenddessen gelangt Königin Gedren in