Ein Mann (Matt Damon) wird ohne Erinnerungsvermögen und mit schweren Schussverletzungen im Mittelmeer gefunden. Der Mann ohne Identität findet schließlich heraus, dass er Jason Bourne heißt und für die CIA gearbeitet hat. Diese hat jedoch Killer auf ihn gehetzt, was er sich nicht recht erklären

Undercover C.I.A.-Agent Sonni Griffith reist alleine nach Polen, um einen Waffenhändler zu entlarven und den Verkauf einer Atomwaffe zu verhindern. Als der Gangster seine wahre Identität erfährt, landet Griffith im Gefängnis, wird jedoch durch Intervention der C.I.A. schnell wieder freigelassen und