Nach ihrem endgültigen Sieg über den bösen Schredder haben sich die vier Ninja-Kampfschildkröten mit ihrem Meister Splinter (James Murray) abermals in der heimischen New Yorker Metro zurückgezogen. Dort trainieren sie tagein, tagaus ihre Kampfsportübungen und gehen vor Langerweile beinahe zugrunde.

Alex und Camryn versuchen sich mit ihrem neuen Leben als Zwillingshexen zu arrangieren. Doch dann erfahren sie, dass ihr im Schattenland des magischen Königreiches Coventry verschollener Vater noch am Leben sein soll. Die beiden unterschiedlichen Schwestern machen sich gemeinsam auf die Suche nach